Beschrijving
Over het boek
Vissenpopulaties in kaart brengen door DNA te analyseren uit emmertjes water. Of terwijl een operatie bezig is, al weten welk tumortype de patiënt heeft! De opkomst van het razendsnelle Next Generation DNA-sequencing (NGS) heeft de laatste 20 jaar biologisch onderzoek fundamenteel veranderd. Hoe je van DNA in een reageerbuis tot lettervolgorde en genetische informatie komt, is essentiële kennis geworden voor elke biologisch analist. Want steeds meer laboratoria krijgen hun eigen NGS-machines of gebruiken de techniek in het veld.
Dit boek behandelt hoe verschillende NGS-platforms data generen, hoe deze geanalyseerd worden met bio-informatica en wat veelgebruikte toepassingen zijn.
- Werking van NGS-platforms
- Read kwaliteit
- Alignment
- Varianten detecteren
- De novo assembly
- PCR-amplicon seq
- RNA sequencen
- Genexpressie meten
- Epigenetica
- Metagenomics
- Eiwitten sequencen
Een nieuw studieboek dat de laatste ontwikkelingen in next generation sequencing op begrijpelijke wijze in kaart brengt, aangevuld met mooie handgetekende afbeeldingen. Dat is wat DNA aflezen met Next Generation Sequencing biedt aan toekomstige studenten.
Het is lang geleden dat ik me door een studieboek heb gewerkt. DNA aflezen met Next Generation Sequencing is geschreven voor hbo-studenten en professionals in de bio-informatica en het biomedisch laboratoriumonderzoek. Zodoende is het geen boek voor op de koffietafel, maar wat studieboeken betreft is dit er wel een die prettig wegleest.
Anglicismen
Schrijvers en docenten Ken Kraaijeveld en Bo Blanckenburg hebben de redelijk complexe materie die komt kijken bij Next Generation Sequencing (NGS) in goed behapbare hoofdstukken geschreven. Voor mij als organisch chemicus zonder NGS-ervaring was het best goed te volgen, ondanks dat ik niet actief ‘aan het studeren’ was. Dat moet hoop bieden aan de toekomstige studenten en professionals die dit boek voorgeschoteld krijgen.
Het boek is in het Nederlands geschreven, maar – zoals de auteurs al waarschuwen in het voorwoord – veel jargontermen zijn bewust in het Engels of in anglicismen weergegeven, omdat het werkveld die woorden nu eenmaal ook zo hanteert. Dat is te begrijpen, maar daardoor kan het lezen soms wat ongemakkelijk aanvoelen, bijvoorbeeld: ‘Als de reads tegen het referentiegenoom gealignd zijn, wordt voor elk gen bepaald hoeveel reads ertegen alignen.’ Dit is natuurlijk niet te voorkomen en het enige alternatief zou waarschijnlijk het boek in het Engels schrijven óf een boel neologismen ontwikkelen om deze tak van de wetenschap goed te verwoorden.
Tekenen
Wat dit boek verder een unieke draai geeft zijn de afbeeldingen. Blanckenburg heeft haar ervaring uit het geven van de cursus Tekenen voor je werk, die ze vanuit het nascholingscentrum van de Hogeschool Leiden verzorgt, ingezet om de concepten in het boek vorm te geven. Dat resulteert in duidelijke tekeningen die professioneel maar ook persoonlijk ogen. Ze voegen echt wat toe aan het boek.
Al met al een boek dat geïnteresseerden echt verder helpt op het gebied van Next Generation Sequencing. Het geeft mij in ieder geval grip op wetenschappelijke papers die aan deze onderwerpen raken.
Recensie in C2W | Mens & Molecule door Daniël Linzel
